Logo Daarul Uluum diciptakan oleh Al-Ustadz Nasruddin Latif, Ketua Dewan Pengurus Yayasan Daarul Uluum, dan didisain oleh Iqbal Harafa, S.Ag pada tahun 2005. Logo ini diluncurkan untuk mengganti logo sebelumnya yang dinilai tidak lagi mewakili visi, dan misi Yayasan Daarul Uluum ke depan.

 
Adapun makna dan spirit yang dikandung dalam logo tersebut adalah sebagai berikut:
 
Merah adalah warna yang sangat sakral bagi bangsa Indonesia, khususnya ummat Islam Indonesia. Warna ini melambangkan semangat yang tidak pernah padam dan kendur dalam memperjuangkan kebenaran.
 
Tulisan "Daarul Uluum" dalam bahasa Arab mengandung makna bahwa seluruh semangat juang yang tidak pernah padam dan kendur tersebut disalurkan melalui wadah lembaga pendidikan, dalam hal ini Yayasan Pesantren Daarul Uluum. Semangat pantang menyerah sangat diperlukan untuk menghantarkan lembaga ini ke tujuannya yang sangat luhur, sebagaimana tertuang dalam visi dan misinya.
 
Delapan sudut yang mengarah ke seluruh penjuru mata angin menunjukkan harapan luhur agar seluruh keluarga besar Daarul Uluum dapat menunjukkan dirinya sebagai generasi-generasi terdidik yang dapat memerankan tugasnya sebagai "al-waratsah al-anbiya", penerus perjuangan para nabi dan rasul Allah dalam menegakkan ajaran-ajaran-Nya, di manapun juga berada.